Das System der Raucherkarhöhle liegt südlich des Schönbergs (2091 m) im westlichen Toten Gebirge. Die Gipfel des Vordern (1786 m) und Hintern Raucher (1734 m) sind die Hauptgipfel über dem Höhlensystem. Die meisten Eingänge befinden sich am Raucherplateau westlich der Rauchergipfel bzw. im nördlich davon gelegenen Raucherkar, das auch namensgeben für die Höhle ist. Die nördlichsten Teile (Transfeichtanien) unterlagern den Feicherkogel (1781 m) und führen bis ins Wildkar, in die Nähe der Hutforscherhöhle (1626/197).

Das Höhlensystem erstreckt sich in einem Block aus Dachsteinkalk der Totengebirgsdecke, der im Osten von einer SSW-NNE-verlaufenden Störung begrenzt wird. Parallel dazu verläuft westlich die Abgrenzung zur Höllengebirgsdecke. Letztere baut auch den Westteil des Toten Gebirges mit der „Hohen Schrott“ auf, wo erst kürzlich beachtliche Höhlen entdeckt wurden. Die Ischler Hütte liegt auf einem Jura-Fenster, das ebenfalls der Höllengebirgsdecke zugerechnet wird. Die Richtung der Deckengrenze sowie der eingangs erwähnten Störung entspricht zugleich der Haupt-Kluftrichtung im gesamten Schönberg-Höhlensystem. Dazu parallel verlaufende Höhlengänge sind oft sehr großräumig, über viele hundert Meter geradlinig, jedoch häufig versturzgeprägt. Daneben gibt es untergeordnete Störungsrichtungen, die gelegentlich ebenfalls zur Anlage bedeutender Horizontalgänge geführt haben. An Kreuzungspunkten befinden sich immer wieder beachtliche Hallen. Neben ausgedehnten Vertikalsystemen kamen bereichsweise auch – meist kleinräumigere, oft typisch mäandrierende – Schichtfugengänge und –labyrinthe zur Ausbildung. Der beschriebene Formenschatz zeichnet in typischer Weise den inneren Aufbau des Dachsteinkalks nach. Der darauf abgelagerte Jura ist nur sehr untergeordnet vertreten und durch deutlich anders aussehende Gesteine geprägt. Seine Ablagerungen verweisen auf größere Meerestiefen. Charakteristisch sind kieselige Anteile, oft in Form von brotlaibförmigen Hornstein-Knollen. Ungewöhnlich ist die Tatsache, dass ein Höhlenteil der Raucherkarhöhle, im westlichen Urwassersysem unter dem Obelix-Eingang, die Grenze zwischen Dachsteinkalk und Jura durchfährt. Die abrupte Änderung der Raumcharakteristik ist in der Höhle deutlich zu sehen. Im Schachtabstieg zum Martin Kasparek-Dom trifft man plötzlich unerwartet auf die oben beschriebenen Hornstein-Knollen. Damit handelt es sich vermutlich um den einzigen bekannten Höhlenteil Österreichs, der eine Deckengrenze durchörtert. Vorausgesetzt, die Geologen haben sich bei der Definition derselben nicht geirrt... – Der überwiegende Teil des gesamten Schönberg-Höhlensystems befindet sich aber im Dachsteinkalk.

Das Hauptniveau der Gänge im westlichen Toten Gebirge liegt bei etwa 1500 – 1550 m Seehöhe. Hier befinden sich mehr als die Hälfte der bekannten Teile des Schönberg-Höhlensystems. Ein weiteres ausgeprägtes Niveau auf 900 m Seehöhe ist bisher nur aus der Raucherkarhöhle bekannt (Via Gloriosa). Das obere Horizontalsniveau des Feuertalhöhlensystems (Altarkögerlhöhle, etc.) bei 1650 m fiel im Raucherkar-Bereich bereits der Oberflächenerosion zum Opfer.